Часть 2. Аллель-специфичное связывание факторов транскрипции. И. Кулаковский. 05.03.2021

Экспрессия генов на уровне транскрипции у высших эукариот регулируется факторами транскрипции, специфически связывающими характерные участки ДНК в регуляторных районах генов — промоторах и энхансерах. Сила связывания факторов транскрипции и экспрессия генов под их контролем часто зависит от индивидуальных геномных вариантов соответствующих регуляторных последовательностей. Во многих случаях такие варианты связаны с риском возникновения или тяжелого течения различных заболеваний, в том числе аутоиммунных и онкологических. Аллель-специфичное (т.е. зависимое от аллеля) связывание факторов транскрипции предоставляет естественный источник информации о регуляторных вариантах генома. Во второй части (05.03.2021) будет представлена наиболее полная на сегодня карта аллель-специфичного связывания факторов транскрипции человека (http://adastra.autosome.ru), построенная путем метаанализа результатов нескольких тысяч экспериментов по иммунопреципитации хроматина с последующим глубоким секвенированием (ChIP-Seq). 00:16:58 Анализ результатов экспериментов ChIP-Seq может определить хромосомные так и внутри хромосомные дупликации, а также делеции ДНК. 00:28:55 На данный момент известно около 600 000 аллель-специфичное связывания факторов транскрипции, но можно предположить, что их на порядок больше. 00:40:12 Всегда ли хорошо когда много данных? - не всегда. Выход - агрегация данных ChIP-Seq либо по факторам транскрипции, либо по клеточным типам. Так, например, CTCF входит в топ-8 факторов транскрипции по известным сайтам аллель-специфичного связывания; топ-5 клеточных линий - половина сайтов. 00:56:32 Существуют сайты связывания факторов транскрипции, которые отличаются по аллелю и связываются при этом разными факторами в зависимости от аллеля (разные регуляторы любят разные аллели одного и того же сайта связывания). Такая ситуация наблюдается чаще всего в разных типах тканей, и что странно часто такая ситуация ассоциирована с болезнями (например, онкозаболеваний). 01:10:08 Веб-сервер ANANASTRA (ANnotation and enrichment ANAlysis of SNP sets with allele-specific TRAnscription factor binding) позволяет ввести идентификатор полиморфизма или локализацию на хромосоме и увидеть какой фактор транскрипции предпочитает связываться с этим местом (с этим аллелем). 01:12:58 Иван Кулаковский (докладчик) ищет аспиранта. ОЧень советуем такого замечательного научного руководителя!