Несмотря на то, что официально это не перезапуск серии, некоторые фундаментальные каноны вселенной Assassin’s Creed грубо нарушены сценаристами «Истоков». Они пренебрегли даже такими устоявшимися фактами, как обстоятельства смерти Юлия Цезаря. Более того, пренебрегли как с точки зрения мифологии игровой серии, так и с точки зрения исторической достоверности. «Истоки» — первая игра серии Assassin’s Creed, в которой действующим лицом современной сюжетной линии не является прямой потомок протагониста из прошлого.