Самус Аран оказывается на планете Вьюрос после неожиданного инцидента. Игроку предстоит исследовать древние джунгли, сканировать руины и статуи, собирать подсказки и новые способности Самус. На помощь героине приходит её высокотехнологичный мотоцикл Vi-O-La, с помощью которого можно исследовать опасную местность и преодолевать препятствия.