Сюжет игры Chains of Freedom разворачивается в антиутопической Восточной Европе, разрушенной после падения метеорита, который принёс загадочный биокристалл ЭДЕМ. Этот кристалл вызвал мутации, превратив людей и животных в кровожадных существ, и породил хаос в обществе.