В будущем остатки человечества существуют в цифровой форме, заключённой в так называемых «сердечниках». Игроку предстоит управлять гипермодулем АСКА — боевым андроидом нового поколения, направленным в монолитный орбитальный город Мёбиус. Здесь сосредоточен последний шанс на спасение человеческого сознания — и одновременно скрываются тайны проекта «Эдем». Герой сталкивается с силами Внутреннего корпуса безопасности и загадочными Инженерами, контролирующими Мёбиус.